東京・八丈島近海に建設された、世界中の警察が持つ防犯カメラを繋ぐための海洋施設『パシフィック・ブイ』。本格稼働に向けて、ヨーロッパの警察組織・ユーロポールが管轄するネットワークと接続するため、世界各国のエンジニアが集結。そこでは顔認証システムを応用した、とある『新技術』のテストも進められていた―。
一方、園子の招待で八丈島にホエールウォッチングに来ていたコナンたち少年探偵団。
するとコナンのもとへ沖矢昴（赤井秀一）から、ユーロポールの職員がドイツでジンに殺害された、という一本の電話が。不穏に思ったコナンは『パシフィック・ブイ』の警備に向かっていた黒田兵衛たち警視庁関係者が乗る警備艇に忍び込み、施設内に潜入。すると、システム稼働に向け着々と準備が進められている施設内で、ひとりの女性エンジニアが黒ずくめの組織に誘拐される事件が発生…！さらに、彼女が持っていた、ある情報を記すUSBが組織の手に渡ってしまう…。
海中で不気味に唸るスクリュー音。そして八丈島に宿泊していた灰原のもとにも、黒い影が忍び寄り…

決して触れてはいけない玉手箱（ブラックボックス）が開かれたとき
封じ込めた過去がいま、洋上に浮かび上がる―

特殊能力を持つ、漫画家・岸辺露伴は、青年時代に淡い思いを抱いた女性からこの世で「最も黒い絵」の噂を聞く。それは最も黒く、そしてこの世で最も邪悪な絵だった。時は経ち、新作執筆の過程で、その絵がルーヴル美術館に所蔵されていることを知った露伴は取材とかつての微かな慕情のためにフランスを訪れる。しかし、不思議なことに美術館職員すら「黒い絵」の存在を知らず、データベースでヒットした保管場所は、今はもう使われていないはずの地下倉庫「Z-13倉庫」だった。そこで露伴は「黒い絵」が引き起こす恐ろしい出来事に対峙することとなる…

ドミニクはレティと息子ブライアンの3人で静かに暮らしていたが、彼らの前に未だかつてないほどの破滅的な敵が現れる。ダンテはかつてドミニクたちがブラジルで倒した麻薬王レイエスの息子であり、家族も未来も奪われた代償を払わせるため、復讐の炎を12年間燃やし続けていたのだった。ダンテの陰謀により散り散りに仲を引き裂かれる"ファミリー"たち。そしてドミニクが愛する全ての者を奪おうとするダンテが最後に向けた矛先は…果たしてファミリーの運命は？！