19世紀末に海賊船と共にシンガポール近海に沈んだとされる、世界最大のブルーサファイア“紺青の拳”。 現地の富豪が回収を目論み、表舞台にその姿を現した時、マリーナベイ・サンズにて殺人事件が発生。 現場には、怪盗キッドの血塗られた予告状が残されていた──。 一方、シンガポールで開催される空手トーナメントを観戦する為、蘭と園子は現地を訪れていた。 コナンもキッドの奇術的な方法により、強制的にシンガポールへ連れてこられてしまう。日本に帰ることすらできないコナン。 その正体に気付いていない蘭に名前を聞かれ、とっさにアーサー・ヒライ（！？）と名乗る。 やがて、キッドはある邸宅の地下金庫にブルーサファイアが眠っているという情報を得る。 いとも簡単に侵入成功したと思われたが、危険すぎる罠がキッドを待っていた。 立ちはだかったのは、400戦無敗の最強の空手家・京極真。キッドの命運は…！？ そして、不吉な何かを予兆するかのように、シンガポールの象徴・マーライオンから真紅に染まった水が放出される！ かつて海底に葬られた【伝説の秘宝】が時を経て“獅子の国”（シンガポール）に蠢く巨大な闇を呼び覚ます！

これは、天下の大将軍を目指す戦災孤児の少年と後に始皇帝と呼ばれる若き王の途方もなき戦いの物語―― 紀元前245年、春秋戦国時代の中華西方の秦の国。 戦災孤児の少年・信と漂は天下の大将軍になることを目標に掲げ、日々の剣術の鍛錬に励んでいた。王都の大臣・昌文に召し上げられた漂が王宮へ入り、信と漂はそれぞれ別の道を歩むこととなる。

かつてポケモンのことが大好きな少年だったティムは、ポケモンに関わる事件の捜査へ向かったきり、 家に戻らなかった父親・ハリーとポケモンを、遠ざけるようになってしまった。 それから年月が経ち、大人になったティムのもとにある日、ハリーと同僚だったというヨシダ警部から電話がかかってくる。 「お父さんが事故で亡くなった――」。 複雑な思いを胸に残したまま、ティムは人間とポケモンが共存する街・ライムシティへと向かう。 荷物を整理するため、ハリーの部屋へと向かったティムが出会ったのは、自分にしか聞こえない人間の言葉を話す、 名探偵ピカチュウだった。 かつてハリーの相棒だったという名探偵ピカチュウは、事故の衝撃で記憶を失っていたが、 一つだけ確信をもっていることがあった…。「ハリーはまだ生きている」。 ハリーは何故、姿を消したのか？ ライムシティで起こる事件の謎とは？ ふたりの新コンビが今、大事件に立ち向かう！